Sistemato nel Complesso di Santo Stefano detto anche Complesso delle Sette Chiese, il Museo è accessibile dal Chiostro dei Cappuccini ed è organizzato in due sale.

Fra le opere d'arte custodite nel museo:

Reliquiario di San Petronio di Jacopo Roseto - 1380
Reliquiario di San Floriano - 1312
Madolla col Bambino e Santi di Simone dei Crocifissi
Madonna col Bambino, San Giovanni ed altri Santi di Jacopo di Paolo
San Petronio in Cattedra di Michele di Matteo
Storie dei Santi Petronio e Stefano di Michele di Matteo
Sacra Famiglia di Marcantonio Franceschini