Situata nella piazza omonima a Bologna, la chiesa di San Francesco fu portata a termine nel 1263. I lavori erano iniziati nel 1236 su un terreno concesso in quell'anno dal comune.
Risalgono al XIV secolo il campanile più grande e la cappella Muzzarelli, realizzati dall'architetto Antonio di Vincenzo, oltre alla cappella di San Bernardino, mentre il campanile più piccolo è del 1260.
La chiesa fu sconsacrata nel 1798 e decadde rapidamente. Sul finire del XIX secolo furono effettuati da Alfonso Rubbiani pesanti interventi sull'edificio e furono smantellate le cappelle laterali aggiunte nel corso dei secoli.
La facciata è di forme romaniche, l'interno è a tre navate divise da pilastri ottagonali, nel completto lo stile è il franco-gotico.
Nella chiesa sono collocati diversi monumenti funebri fra cui quello di Lodovico Boccadiferro morto nel 1545, di Pietro Fieschi morto nel 1492, di Alessandro Zambeccari (1571), Pietro Canetoli morto nel 1382 (nella base del campanile grande) e del papa Alessandro V morto nel 1410.
Attiguo alla chiesa è il Chiostro dei Morti con le sepolture di molti rettori dell'Università.