Primogenito dell'imperatore bizantino Giovanni II Comneno e di Piroska-Irene d'Ungheria, nacque nel 1106.
Nel 1122 fu associato al potere dal padre come coimperatore ed erede al trono. Dal 1130 partecipò alle campagne militari contro i Turchi in Asia Minore e nel 1137 agli assedi di Tarso e di Antiochia. Nel 1142 ripartì con il padre e i fratelli per riprendere la regione di Attalia occupata dai Turchi ma durante il viaggio scoppiò nell'armata un'epidemia che uccise fra gli altri Alessio e suo fratello Andronico.
Aveva sposato la nobile Irene di Kiev ed aveva avuto una figlia, Maria Comnena che sposò Alessio Axuch.