Nel Medioevo il termine gonfaloniere fu inizialmente creato per indicare colui che custodiva il Gonfalone del Comune, compito onorifico che toccava ai cittadini più importanti.
Dal 1289 a Firenze fu istituita la carica di gonfaloniere di giustizia che veniva conferita a un magistrato dotato di una milizia armata che aveva il compito di proteggere gli altri magistrati cittadini. Con gli Ordinamenti di Giustizia del 1293 il gonfaloniere divenne capo dei priori (rappresentanti di rione) e in breve divenne il capo del governo repubblicano.
La funzione venne ridimensionata con lo stabilirsi della signoria e in seguito del ducato, si continuarono a nominare gonfalonieri come capi dei magistrati cittadini.
Anche la Chiesa nominavo dei Gonfalonieri, si trattava di un titolo onorifico che veniva assegnato dal papa come riconoscimento di meriti personali.