Figlia di Enrico II d'Albret e di margherita di Angoulême, nacque nel castello di Saint-Germain-en-Laye nel 1528.
A tredici anni si oppose energicamente al progetto del padre che voleva farsle sposare il duca Guglielmo di Cleves. Il matrimonio fu celebrato nel 1541 ma non fu mai consumato.
Nel 1548, dopo l'annullamento del primo matrimonio, si risposò con Antonio di Borbone dal quale ebbe un figlio, il futuro re di Francia Enrico IV.
Nel 1555, alla morte del padre, divenne regina di Navarra e condivise autorità e governo con il marito. Dopo alcuni anni di matrimonio, tuttavia, Antonio di Borbone prese a trascurare e tradire la moglie che, dedicatasi intensamente alla religione, dal 1560 divenne accesa sostenitrice della Riforma e dei protestanti, tanto che nel 1567 introdusse la religione riformata nel suo regno.
Nel 1568 fece riconoscere suo figlio Enrico capo dell'esercito degli Ugonotti e nel 1570 concordò con Caterina de' Medici il matrimonio di Enrico con Margherita di Valois ma prima della celebrazione delle nozza morì a Parigi nel 1572.