Figlia di Federico III di Sicilia e di Costanza d'Aragona, nacque a Catania il 2 luglio 1363.
Nel 1377, rimasta orfana di entrambi i genitori, ereditò la corona di Sicilia e i ducati di Atene e Neopatria. Era suo tutore Artale Alagona, gran giustiziere e signore di Paternò, che prese la reggenza insieme al "consiglio dei quattro vicari", organo di governo istituito per l'occasione che oltre all'Alagona comprendeva altri tre rappresentanti della nobiltà.
Il tutore combinò il fidanzamento di Maria con Gian Galeazzo Visconti duca di Milano ma i baroni si opposero e Guglielmo Raimondo Moncafa rapì Maria con l'appoggio di Pietro IV re d'Aragona. La giovane rimase prigioniera per quattro anni. Fu infine liberata dalla marina spagnola nel 1382 e condotta a Barcellona. Nel 1391 sposò Martino il Giovane, figlio del futuro re d'Aragona Martino il Vecchio.
Nel 1392 Martino e Maria furono incoronati a Palermo ma i nobili siciliani formarono un fronte unico di opposizione al nuovo re, fronte che riuscì a resistere anche alla flotta inviata dal re d'Aragona. La pace fu ristabilita nel 1398.
I due sovrani ebbero un figlio di nome Pietro che morì di peste a due anni nel 1400, la stessa epidemia uccise Maria nel 1401.
Martino il Giovane fu confermato re e quando morì nel 1409 il trono di Sicilia passò al padre Martino il Vecchio. In questo modo la Sicilia passò alla dinastia spagnola degli Aragonesi mentre si estingueva la dinastia siciliana.