Una delle quattro chiese extramurali fondate dal vescovo Ambrogio. Lungo il corso di Porta Roana la "Basilica Apostolarum" che raccoglieva le reliquie degli Apostoli ed il sepolcro del martire Nazaro, ebbe sin dal IV secolo pianta cruciforme.
Ricostruita dopo un incendio del 1075 utilizzando i muri perimetrali paleocristinai, venne trasformata per ordine di Carlo Borromeo nel 1571.
Nel 1653 fu costruita la cappella di San Matroniano e nel 1674 fu rifatta la cappella della Madonna del Rosario.