Figlio di Pietro II di Courtenay e di Iolanda di Fiandra, nacque a Costantinopoli nel dicembre 1217.
Nel 1228, alla morte del fratello Roberto di Courtenay, divenne imperatore latino d'Oriente sotto la reggenza di Giovanni di Brienne.
Nel 1231 sposò Maria di Brienne, figlia di Giovanni.
Contro il suo stato si erano coalizzati i Bulgari e gli imperi di Nicea e Salonicco e Baldovino II, una volta raggiunta la maggiore età viaggiò a lungo in Europa per raccogliere risorse finanziare e militari che ebbe soprattutto da Venezia e da Genova. Nel 1240 tornò a Costantinopoli con un esercito ma le sue forze si rivelarono inadeguate per resistere agli avversari, nel 1245 con un secondo viaggio in Occidente raccolse altri fondi in Francia e in Italia ma l'impero latino d'Oriente era ormai giunto allo stremo.
Nel 1258 Michele VIII Paleologo prese il potere nell'impero bizantino e si mostrò subito intenzionato a riconquistare Costantinopoli e quanto rimaneva dell'impero latino, vi riuscì il 26 luglio 1261. Baldovino fuggì in Francia e con la sua fuga ebbe di fatto termine l'impero latino d'Oriente anche se in Europa il deposto monarca venne sempre considerato imperatore titolare.
Viaggiò ancora in cerca di aiuti per riprendere Costantinopoli ma non ebbe successo, si stabilì alla corte di Carlo d'Angiò e morì a Barletta o a Trani nel 1274.

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Vedi anche:

Impero latino d'Oriente

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