Nato a Venezia nel 1549, Giovanni Contarini attese agli studi umanistici e divenne notaio ma, invece di esercitare la professione, si dedicò alla pittura, praticamente come autodidatta, iniziando col dipingere ritratti per eseguire in seguito scene più complesse di soggetto religioso o mitologico.
Intorno al 1579 emigrò a Praga alla corte dell'imperatore Rodolfo II dal quale ebbe la nomina di cavaliere. Non si conoscono le oipere eseguite durante il soggiorno a Praga e non si conosce la data in cui tale soggiorno ebbe termine. Nel 1591 Contarini era a Innsbruck presso l'arciduca Ferdinandoma fu allontanato per uno scandalo con una dama di corte, tornò quindi a Venezia dove si trovava certamente nel 1596 quando fu condannato ad una multa perché esercitava la professione di pittore senza essere iscritto alla relativa corporazione.
E' incerta anche la data della sua morte che avvenne prima del 1604.
Contarini si formò come autodidatta e seguì le orme dei pittori veneti suoi contemporanei,in particolare di Tiziano Vecellio della cui bottega, secondo alcuni, sarebbe stato frequentatore.

Tra le sue opere:
- Decorazione della volta della chiesa di San Francesco di Paola a Venezia
- Creazione di Eva (olio su tela) - Accademia Carrara, Bergamo
- Deposizione - Palazzo Grimani, Venezia
- Nascita della Vergine - Chiesa Ss. Apostoli - Venezia