Figlio di Giovanna Borgia, nipote di Rodrigo Borgia (papa Alessandro VI) e fratello di Angela Borgia.
Cardinale dal 1492 e vescovo di Ferrara dal 1497, carica che ebbe in opposizione agli Estensi che sostenevano la candidatura di Ippolito d'Este.
Morì a Roma il 1 agosto 1503.