Figlia di Alain I d'Albret e di Françoise di Châtillon-Limoges, nacque nel 1482.
Suo fratello Giovanni III d'Albret era re di Navarra.
Il re Luigi XII di Francia, perfezionando la sua alleanza con la famiglia Borgia, fece sposare Charlotte con Cesare Borgia al quale conferì il ducato del Valentinois.
Il matrimonio ebbe luogo il 10 maggio 1499 a Blois e il 17 marzo 1501 ne nacque Luisa Borgia.
La sposa non visse a lungo con il marito ma ne amministrò il patrimonio e dal 1507 ebbe la reggenza del ducato.
Morì l'11 marzo 1514 nel castello di Motte-Feuilly a Bourges.