Figlia di Leopoldo VI di Babenberg duca d'Austria e di Teodora Angelina, nacque intorno al 1204.
Nel 1225 sposò Enrico VII re di Germania figlio di Federico II di Svevia e nel 1227 fu incoronata regina di Germania.
Nel 1235 Enrico VII si ribellò al padre e quando concluse un trattato di alleanza con la lega delle città lombarde, nemiche storiche degli Hohenstaufen, venne processato per tradimento e condannato a morte, condanna poi commutata nella reclusione a vita e nel 1242, durante un trasferimento da un carcere all'altro, morì cadendo in un burrone: probabilmente la caduta fu volontaria.
Margherita si trasferì in Baviera. Nel 1246 morì Federico II duca d'Austria, fratello di Margherita, senza lasciare eredi.
Fra coloro che si candidarono alla successione ottenne il titolo Vladislao figlio di Venceslao I re di Boemia che sposò Gertrude nipote di Federico II ma morì nel 1247. Gertrude si risposò con Ermanno VI di Baden che morì a sua volta nel 1250.
La corona fu quindi offerta a Ottocaro II fratello di Vladislao che sposò Margherita molto più anziana di lui.
L'anno successivo, alla morte di Venceslao I, Ottocaro divenne re di Boemia e Margherita sua regina consorte, tuttavia, poiché Margherita che ormai aveva circa cinquant'anni non era in grado di avere figli, Ottocaro la ripudiò ma continuò a governare l'Austria e la Stiria fino al 1276.
Margherita si ritirò in Austria dove morì nel 1266 o nel 1267.
Da Enrico VII aveva avuto due figli, Enrico e Federico, entrambi morti molto giovani.