Regione storica della Francia che comprendeva i dipartimenti di Belfort, Boubs, Alta Saona e Giura, con capoluogo Besançon.
Fu sede dei Sequani e dal quinto secolo di Burgundi e Franchi. Dopo la fine del regno dei Burgundi fu una contea libera, come evidenziato dal nome, ma in rapporto di vassallaggio con il Sacro Romano Impero. Fu incorporata nell'impero quando nel 1156 Beatrice di Borgogna sposò Federico Barbarossa.
Nel XIII secolo fu ceduta a Filippo il Bello di Francia ma nel XV secolo passò a Massimiliano d'Asburgo. Nel 1519 fu ereditata da Carlo V dalla cui morte la Franca Contea fu sotto il dominio spagnolo fino al 1674 quando passò alla Francia con Luigi XIV.
Dal 2016 è parte della regione Borgogna-Franca Contea.