Figlio del pittore Filippo Lippi e di Lucrezia Buti, ebbe il nome di Filippo ma fu detto Filippino per distinguerlo dal padre. Nacque a Prato nel 1457 e appena adolescente seguì il padre impegnato nel duomo di Spoleto come aiuto e come allievo.
Filippo Lippi morì nel 1469 e gli affreschi del Duomo di Spoleto furono completati dai suoi aiuti guidati dal più anziano di loro, Fra' Diamante.
Nel 1472 si trasferì a Firenze presso Sandro Botticelli che lo accolse nella sua bottega e lo iscrisse alla Compagnia di San Luca. A questo periodo appartengono diverse Madonne e altre opere di argomento religioso tutte fortemente influenzate dallo stile di Botticelli. Nel 1481 Filippino fu probabilmente a Roma fra gli aiuti del suo maestro per gli affreschi della Cappella Sistina.
Dal 1488 al 1493 visse a Roma dove studiò approfonditamente l'arte antica. A Roma affrescò la cappella della famiglia Carafa nella chiesa di Santa Maria sopra Minerva.
Tornato a Firenze lavorò nella cappella Strozzi in Santa Maria Novella che completò nel 1502. Negli stessi anni dipinse molte tavole ricevendo molte prestigiose commissioni.
Morì a Firenze nel 1504.