Figlio di Ferdinando II re di Leon e di Urraca del Portogallo, Alfonso nacque a Zamora il 15 agosto 1171.
Nel 1188 ereditò come Alfonso IX le corone di Leon e di Galizia, appoggiato dalla nobiltà e dal clero ma ostacolato da Urraca Lopez de Haro seconda moglie del padre e dal fratellastro Sancho.
Il suo primo matrimonio con sua cugina Teresa del Portogallo fu annullato per consenguineità e nel 1197 Alfonso si risposò con Berenguela di Castiglia, figlia di Alfonso VIII di Castiglia.
Alfonso combattè con successo contro i Mori in Estremadura.
Morì a Villanueva di Sarria nel 1230 e il suo regno passò al figlio Ferdinando III che lo unì definitivamente al regno di Castiglia.