Autorizzato da Carlo IX, l'eccidio degli ugonotti fu compiuto a Parigi la notte tra il 23 e il 24 agosto 1572 ed è ricordato come strage della notte di San Bartolomeo dal nome del santo celebrato il 24 agosto.
Migliaia di ugonotti si trovavano a Parigi in occasione delle nozze tra la sorella del re Margherita di Valois e Enrico IV di Borbone re di Navarra. Furono uccise oltre tremila persone tra cui l'ammiraglio de Coligny, uno dei capi militari degli ugonotti.
Enrico di Navarra e suo cugino Enrico di Condè furono risparmiati per il loro lignaggio regale, furono tuttavia costretti ad abiurare la religione protestante.
Il 26 agosto il re Carlo IX dichiarò ufficialmente di aver ordinato la strage per prevenire una congiura organizzata dall'ammiraglio de Cologny contro lo stato e la famiglia reale.
Nei mesi seguenti la notizia della notte di San Bartolomeo provocò in diverse città francesi analoghe stragi. Agitatori e estremisti incitarono i cattolici alla violenza contro i protestanti i cattolici di Orleans, Lione, Bourges, Bordeaux, Tolosa e altre città.