Figlio di Filippo III conte di Evreux e di Giovanna II regina di Navarra, Carlo nacque nel castello di Evreux il 7 maggio 1332.
Nel 1344 il padre morì e Carlo ereditò i suoi titoli: conte di Evreux e di Angoulême. Nel 1349 la madre abdicò lasciandogli la corona di Navarra.
Carlo fu incoronato nel 1350 e prese il titolo di Carlo II di Navarra iniziando a governare sotto la reggenza di Filippo VI re di Francia e poi di Giovanni II il Buono.
Nel 1353 sposò Giovanna di Francia, figlia di Giovanni II che aveva solo dieci anni, contemporaneamente ebbe fine la reggenza di Giovanni II. Il re di Francia conferì la contea di Angoimous a Carlo di Spagna, Carlo II che si considerava erede di quella contea fece assassinare il rivale e venne imprigionato. Liberato nel 1354 si accordò con gli Inglesi contro il suocero, iniziando la guerra tra Navarra e Francia e venne di nuovo incarcerato.
Nel 1356 Giovanni II fu catturato dagli Inglesi durante la battaglia di Poitiers. Carlo II, liberato dai Navarresi, si accordò con il Delfino di Francia Carlo V il Saggio ma in seguito ruppe l'accordo ed invase l'Ile-de-France.
Il 28 maggio 1358 ebbe inizio la rivolta contadina detta Jacquerie, Carlo il Malvagio si accordò con Etienne Marcel leader della borghesia parigina con l'obiettivo di occupare Parigi ed impadronirsi del trono, ma il 21 luglio 1358 Etienne Marcel venne ucciso e il Delfino entrò a Parigi.
Il Delfino intraprese la guerra contro la Navarra ma nel giugno 1359 firmò la pace per timore dell'intervento inglese.
Si svolse quindi la contesa per il ducato di Borgogna al quale Carlo aspirava in base alla sua parentela con il defunto duca di Filippo di Rouvres, ma Giovanni II il Buono decise di incamerare la Borgogna nei possessi della corona e Carlo il Malvagio riaprì la guerra contro la Francia.
Con la pace firmata a Pamplona nel 1356, Carlo II rinunciò ai territori normanni e alle sue pretese sul trono francese ed ottenne la signoria di Montpellier.
Di nuovo in guerra con la Francia, Carlo II il Malvagio finì col perdere tutte le sue proprietà francesi. Sconfitto anche dalla Castiglia fu accusato di aver attentato alla vita del re di Castiglia Giovanni I e dal 1386 rinunciò a qualunque aspirazione fuori dalla Navarra.
Ammalatosi gravemente, fu avvolto dai medici in bende imbevute di brandy che si incendiarono accidentalmente. Morì il I gennaio 1387 in seguito alle ustioni subite.

Dalla moglie Giovanna aveva avuto otto figli: Maria di Navarra, Carlo il Nobile, Bona di Navarra, Filippo di Navarra, Pietro di Navarra, Giovanna di Navarra, Bianca, Isabella. Ebbe inoltre due figli illegittimi, Lionello e Giovanna.