In gioventù fu chierico della Basilica di San Giovanni in Laterano, in seguito suddiacono sotto Gregorio IV, quindi cardinale presbitero di Santa Maria in Trastevere.
La sua elezione papale, avvenuta nel luglio 855, fu contrastata dai seguaci dell'antipapa Anastasio il Bibliotecario. L'imperatore Ludovico II inviò due suoi incaricati a Roma per chiarire la situazione e Anastasio, in un primo momento, riuscì ad attrarli dalla sua parte, ma il 19 settembre i partigiani dell'antipapa attaccarono Roma e catturarono Benedetto III. La reazione popolare in favore di Benedetto convinse i legati imperiali a confermare la sua nomina e il 29 settembre il nuovo papa fu finalmente consacrato. Anastasio fu privato dell'abito sacerdotale e confinato in un monastero.
Benedetto III realizzò varie opere a Roma e convinse il re del Wessex Etelwulfo che si trovava in pellegrinaggio a Roma, a restaurare la Schola Saxorum, una struttura di accogliensa per pellegrini sassoni presso la chiesa di Santo Spirito in Saxia.
Altri interventi edilizi voluti da Benedetto III riguardarono il restauro della Basilica di Santa Maria Maggiore e del cimitero di San Marco.
Morì nell'aprile 858 e fu sepolto in San Pietro. Suo successore fu Niccolò I.

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Vedi anche:

Cronologia dei Papi ed Antipapi

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