Figlio di Enrico III l'Infermo della Casa di Trastamara e di Caterina di Lancaster, Giovanni nacque a Toro il 6 marzo 1405.
Il padre morì nel 1406 e Giovanni che non aveva ancora compiuto due anni fu incoronato re di Castiglia e di Leon sotto la tutela della madre e dello zio Ferdinando di Trastamara. Quest'ultimo governò con prudenza, ottenne vittorie militari e nel 1411 firmò la pace con Giovanni I re del Portogallo ponendo fine ad una guerra che durava da decenni, ma nel 1412 lasciò la Castiglia per salire sul trono d'Aragona con il nome di Ferdinando I.
La reggenza rimase completamente a Caterina di Lancaster che aveva come consiglieri i figli di Ferdinando che presto entrarono in contrasto con la nobiltà castigliana capeggiata dal potente Alvaro de Luna.
Caterina morì nel 1418 e nel 1419 Giovanni fu dichiarato maggiorenne ma, poco versato nelle arti del governo, preferì affidare pieni poteri a Alvaro de Luna.
Nel 1420 Enrico di Trastamara, uno dei figli di Ferdinando, prese il potere con un colpo di stato e convinse Giovanni II a sposare la propria sorella Maria di Trastamara.
Negli anni successivi la lotta fra Enrico e Alvaro de Luna continuò senza tregua e con alterne fortune finchè Alfonso V il Magnanimo re d'Aragona, fratello di Enrico, nel 1429 invase il regno di Castiglia. La guerra terminò nel luglio 1430, gli Aragonesi lasciarono la Castiglia ed Enrico e suo fratello Giovanni vennero espulsi.
Giovanni II riaprì le ostilità nel 1431 contro il regno di Granada riportando qualche successo ma l'eccessiva potenza di Alvaro de Luna provocò in seguito una ribellione della nobiltà che richiamò i fratelli Enrico e Giovanni i quali furono definitivamente sconfitti a Olmedo il 14 maggio 1445.
Morta la prima moglie, Giovanni II sposò Isabella del Portogallo che entrò in contrasto con il conestabile de Luna e riuscì ad incriminarlo e farlo giustiziare il 2 giugno 1453.
Giovanni II morì il 20 luglio 1454 a Valladolid, probabilmente assassinato, gli successe il figlio Enrico IV.
Dal matrimonio con Maria, Giovanni aveva avuto quattro figli Caterina, Eleonora, Enrico IV, Maria, mentre da Isabella nacquero Isabella di Castiglia e Alfonso principe delle Asturie.
Vengono riconosciuti a Giovanni meriti di mecenate e protettore delle lettere, durante il suo regno infatti la Castiglia conobbe un periodo di grande fermento intellettuale.