La pace di Augusta del 1555, istituendo il principio cuius regio eius religio aveva parzialmente risolto la conflittualità che le divergenze religiose fra luterani e cattolici provocavano all'interno degli stati.
Questa soluzione, tuttavia, aveva una grossa debolezza nell'ignorare le altre confessioni religiose che si andavano diffondendo fra cui il calvinismo, molto presente in Germania. Inoltre interessi politici ed economici contribuivano a rendere instabile l'equilibrio europeo.
I protestanti, le cui energie andavano crescendo nell'Europa centro-settentrionale, miravano ad occupare il trono del Sacro Romano Impero. Per raggiungere questo obiettivo era necessaria la maggioranza fra i sette principi elettori e quando nel 1617 salì al trono di Boemia il cattolico Ferdinando arciduca di Stiria i protestanti videro sfumare il loro progetto e reagirono violentemente.
Il 23 maggio 1618 i protestanti guidati dal conte Heinrich von Thurn si impadronirono del castello di Hradcany e defenestrarono i due luogotenenti imperiali che vi si trovavano.
Subito dopo von Thurn cacciò l'arcivescovo e il clero cattolico ed insediò un governo rivoluzionario rifiutando di trattare con l'imperatore Mattia.
Ferdinando annunciò il proprio intervento contro gli insorti con i quali si schierò il calvinista Federico elettore del Palatinato offrendo il proprio aiuto in cambio della corona di Boemia.
I Boemi respinsero le truppe dell'imperatore fino a Vienna e dichiararono Ferdinando decaduto per affidare il trono a Federico, ma intanto moriva il vecchio imperatore Mattia e il 28 agosto 1619 Ferdinando II veniva proclamato imperatore.
Il 4 novembre Federico entrò a Praga accolto trionfalmente ma presto le sue misure contro i cattolici (fece rimuovere gli altari dalle chiese) gli alienarono il favore di parte della popolazione.
Federico si ritrovò isolato ma affrontò ugualmente le forze imperiali comandate dal conte di Tilly che l'8 novembre 1620 lo sconfissero alla Montagna Bianca nei pressi di Praga. Fu privato della corona e del titolo di elettore, i suoi beni vennero confiscati. Si ritirò nei Paesi Bassi e poi a Magonza dove morì nel 1632. Seguirono dure sanzioni contro i suoi sostenitori, molti dei quali subirono la pena di morte.
Ferdinando II assegnò a Massimiliano I duca di Baviera il titolo di elettore palatino (1623) che era stato del deposto Federico e la provincia del Palatinato Superiore.
Intanto un esercito inviato da Filippo III re di Spagna e comandato dal genovese Ambrogio Spinola invadeva il Palatinato e debellava le forze protestanti presso Heidelberg, città dei calvinisti che venne saccheggiata.

Tilly continuò a portare avanti operazioni sistematiche contro le forze protestanti in Germania, ma il 27 aprile 1622 venne sconfitto a Wiesloch, presso Heidelberg, da Ernest von Mansfeld comandante dell'esercito protestante composto dalle truppe boeme e da quelle palatine di Federico V. Diversa fortuna ebbe pochi giorni dopo quando il 6 maggio 1622 ottenne la sua rivincita su von Mansfeld e sul margravio Giorgio Federico di Baden-Durlach affrontandoli nella battaglia di Wimpfen insieme al generale spagnolo Gonzalo de Cordoba.
I due combattimenti non furono decisivi, von Mansfeld si spostò verso il fiume Meno e si unì alle forze i Cristiano di Brunswick, duca di Brunswick-Lüneburg e vescovo di Halberstadt. La nuova compagine protestante così formata fu sconfitta il 20 giugno da Tilly che passò subito ad assediare Heidelberg per conquistarla il 19 settembre.
Cristiano di Brunswick e von Mansfeld si riorganizzarono e reclutarono nuove truppe ma Tilly li sconfisse definitivamente il 6 agosto 1623 nella battaglia di Stadlohn.
In questi scontri i protestanti persero gran parte delle forze in campo, Federico V si riconobbe definitivamente sconfitto e si concluse la prima fase della Guerra dei trent'anni che viene spesso indicata come fase boemo-palatina.

Nel 1625 i protestanti tedeschi si rivolsero al re Cristiano IV di Danimarca il quale, essendo interessato al controllo dei porti tedeschi di Brema e Amburgo, fu lieto di intervenire contro la Lega Cattolica, ma fu più volte sconfitto da Tilly e Wallenstein.
Decisiva fu la battaglia di Lutter-am-Beremberger a seguito della quale Cristiano IV fu costretto alla ritirata mentre i due generali cattolici occuparono temporaneamente lo Jutland.
L'intervento danese nella Guerra dei trent'anni si concluse con la Pace di Lubecca del 1629 con cui la Danimarca riebbe i territori occupati e si impegnò a rimanere estranea al conflitto.
Il 20 marzo 1631, a seguito dell'entrata in guerra della Svezia alleata della Francia, Tilly che nel 1630 era stato nominato tenente generale dell'esercito austriaco, iniziò l'assedio della città filosvedese di Magdeburgo affidando le operazioni sul campo al generale Gottfried Deinrich conte di Pappenheim. Il 20 maggio la città capitolò e fu brutalmente saccheggiata e devastata dalle truppe che fecero strage della popolazione.
Nei mesi successivi Tilly si occupò di contrastare l'invasione della Germania, ma gli svedesi del re Gustavo Adolfo lo sconfissero il 17 settembre 1631 a Breitenfeld e nella battaglia di Rain il 15 aprile 1632. In quest'ultimo scontro Tilly fu gravemente ferito e ne morì pochi giorni più tardi.


Quando Gustavo Adolfo puntò sulla Baviera Massimiliano I unì il proprio esercito a quello imperiale comandato dal generale Wallenstein. La battaglia ebbe luogo il 16 novembre 1632 e a Lützen, durò con alterne vicende fino al tramonto e fu vinta dagli Svedesi ma il lore re perse la vita.
Wallenstein si ritirò in Boemia e Massimiliano trattò la pace con il cardinale Richelieu che in quel momento teneva le fila delle forze antiasburgiche.

Nel 1635, quando la Spagna inviò aiuti all'esercito imperiale, Richelieu decise di far intervenire direttamente la Francia nella Guerra dei trent'anni. Con la consueta accortezza preparò l'intervento rinnovando le alleanze con la Svezia, l'Olanda e il duca di Savoia e fece assoldare dal re Bernardo di Sassonia-Weimar, uno dei condottieri più abili del momento.
I Francesi erano scarsamente preparati per operazioni militari in grande stile e in un primo momento non seppero evitare che gli Spagnoli invadessero la Francia e occupassero Compiegne ma Richelieu, con incredibile energia, riuscì a riorganizzare l'esercito e a togliere al nemico quanto aveva conquistato. Gli imperiali subirono diverse sconfitte e la guerra continuò su più fronti. L'alleanza franco-svedese conquistò l'Alsazia, sconfisse la lega asburgica, nel 1643 sconfisse gli Spagnoli a Rocroi, nel 1644 conquistò la Renania e nel 1646 la Baviera.

Nel dicembre del 1644, dopo anni di tentativi, si riuscì a convocare una conferenza di pace con centotrentacinque delegati che nel'ottobre 1648 siglarono la Pace di Vestfalia. Dopo questo trattato la Svizzera e l'Olanda divennero indipendenti, il Palatinato venne diviso fra la Baviera e Federico V, alcuni stati, fra cui la Svezia, acquisirono nuovi territori e la Francia, come aveva desiderato Richelieu, vide ampliarsi i propri confini a scapito degli Asburgo. Venne confermata la piena indipendenza dei principi tedeschi dall'imperatore e questi venne riconosciuto sovrano in Boemia e Ungheria.