Figlio di Giovanni Borgia, nato a Gandia (Spagna) nel 1510, fu il quarto duca di Gandia e vicerè di Catalogna.
Nel 1528 entrò al servizio dell'imperatore Carlo V.
Nel 1529 sposò Leonora de Castro, dama di compagnia dell'imperatrice Isabella di Portogallo, dalla quale ebbe molti figli.
Quando la moglie morì nel 1546 si fece gesuita e divenne consigliere di Ignazio di Loyola quindi terzo generale della compagnia di Gesù. Svolse un'intensa attività ecclesiastica fondando missioni, scuole, e collegi fra i quali il Collegio Romano.
Morì a Roma nel 1572 e fu canonizzato nel 1671. La Chiesa lo celebra il 10 ottobre.