Figlio di Alfonso d'Aragona duca di Bisceglie e di Lucrezia Borgia, nacque a Roma il 1 novembre 1499.
Il padre, vittima di un'aggressione dei sicari di Cesare Borgia, morì il 18 agosto 1500 e Rodrigo visse con la madre fino al settembre 1501 quando Lucrezia si trasferì a Ferrara per le sue nozze con Alfonso d'Este.
Rodrigo fu affidato ai parenti e si trovava a Bari presso la zia Isabella d'Aragona Sforza quando morì di malattia nel 1512.
Lucrezia, che non lo aveva mai rivisto, si ritirò in convento per un breve periodo.