Figlio di Tolomeo VIII e di Cleopatra III, nacque nel 141 a.C.
Morendo nel 116 a.C. Tolomeo VIII aveva stabilito che Cleopatra scegliesse quale figlio associare al regno e la regina aveva scelto il più giovane Tolomeo X Alessandro I.
La volontà popolare, tuttavia, costrinse Cleopatra a cambiare la propria scelta: Tolomeo IX che era all'epoca goernatore dell'isola di Cipro venne richiamato in Egitto per divenire coreggente mentre Tolomeo X prendeva il suo posto nel governo dell'isola. Cleopatra III lo indusse ad annullare il matrimonio con la sorella Cleopatra IV e sposare la sorella minore Cleopatra Selene.
Cleopatra IV tentò di sposare Tolomeo X, non riuscendovi sposò Antioco IX Ciziceno re di Siria.
Tolomeo IX regnò con Cleopatra III fino al 107 a.C. quando la regina riuscì a deporlo capovolgendo la situazione: Tolomeo IX tornò a governare Cipro mentre Tolomeo X salì sul trono egiziano con la madre.
Tolomeo X rimase sul trono fino alla morte, ad eccezione di un breve periodo fra il 110 ed il 109 a.C. nel quale Tolomeo IX riuscì a riprendere il potere. Cleopatra III morì nel 101 a.C. e Tolomeo nell'88 a.C. quando fu probabilmente assassinato.
A questo punto Tolomeo IX ritornò da Cipro e riprese il trono regnando fimno alla morte avvenuta nell'80 a.C. Il trono passò a sua figlia Cleopatra Berenice.
Giuseppe Flavio racconta che, nel periodo tra i due regni, Tolomeo IX signore di Cipro accolse la richiesta di aiuto dei cittadini di Tolemaide che erano stati attaccati da Alessandro Ianneo re di Giudea. Ne seguì una serie di brevi conflitti, di trattati di pace e di alleanza subito infranti a causa delle manovre di Cleopatra III che intendeva impedire al figlio di trovare alleati potenti. Infine Tolomeo IX sconfisse Alessandro Ianneo ed invase la Giudea ma Cleopatra intervenne e si alleò con Alessandro il quale marciò sulla Celesiria e conquistò la città di Gaza.

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Riferimenti letteratura:

Giuseppe Flavio - Antichità Giudaiche

Plutarco - Vite di Cimone e Lucullo

Pausania - Descrizione della Grecia

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Vedi anche:

Dinastia Tolemaica o Lagide

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