Figlio di Raffaello della Rovere e di Teodora Manirolo, nacque a Savona il 14 gennaio 1457. Nipote di papa Sisto IV e fratello di Giuliano della Rovere che fu papa con il nome di Giulio II.
Nel 1474 fu nominato signore di Senigallia e del vicariato di Mondavio.
Nel 1475 ebbe il titolo di duca di Sora e Arce e le cariche di Prefetto di Roma e Capitano Generale della Chiesa.
Sposò Giovanna da Montefeltro, figlia di Federico da Montefeltro duca di Urbino. La coppia ebbe sei figli: Maria Giovanna, Girolamo, Beatrice, Francesco Maria, Federico, Costanza. Francesco Maria fu adottato dallo zio Guidobaldo I da Montefeltro alla morte del quale divenne duca di Urbino.
Giovanni della Rovere morì a Roma il 6 novembre 1501 e fu sepolto a Senigallia nella Chiesa di Santa Maria delle Grazie.

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Riferimenti letteratura:

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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