Figlia di Federico II di Svevia e di Bianca Lancia, nacque nel 1230.
Sposò nel 1244 Giovanni III Ducas Vatatze imperatore di Nicea che intratteneva rapporti di mutuo sostegno politicon con il padre. Questo matrimonio fu contrastato dal papa Innocenzo IV che vedeva malvolentieri l'avvicinamento dei Bizantini con l'imperatore suo agguerrito avversario.
Una volta sposata Costanza assunse il nome tradizionale bizantino di Anna e in quanto figlia del re di Sicilia la si trova citata anche come Anna di Sicilia.
Giovanni III morì nel 1254 lasciando il trono al figlio di primo letto Teodoro II Lascaris. Questi morì nel 1258 e il suo successore Michele VIII Paleologo chiese di sposare Costanza che rifiutò.
Quando con le battaglie di Benevento (1266) e di Tagliacozzo (1268) le fortune degli Hohenstaufen tramontarono definitivamente, Costanza si rivolse a sua nipote, la figlia di Manfredi anche lei di nome Costanza moglie di Pietro III di Aragona ed si trasferì a Valencia, qui entrò in monastero e vi morì nel 1307.